A Michelangelo compõe-se dos seguintes órgãos, aos quais compete a administração desta Faculdade:
a) Órgãos de Deliberação:
Conselho Superior de Administração - Órgão Superior consultivo e deliberativo em matéria didático-científico e pedagógico;
Conselho Acadêmico - Órgão técnico consultivo e deliberativo no que concerne às atividades didático-pedagógicas.
b) Órgãos de Execução:
Diretoria - Órgão executivo superior de coordenação e fiscalização das atividades da Faculdade;
Secretaria - Órgão que centraliza todo o registro da vida acadêmica dos alunos da Faculdade;
Coordenação dos cursos e de Avaliação Institucional - Coordena, supervisiona e administra as atividades de Ensino de Graduação.